当夫妻双方决定离婚并共同抚养两个孩子时，制定一份详细的共同抚养协议是非常重要的，以下是一些关键问题需要在协议中明确：

1、抚养权分配：明确每个孩子的抚养权归属，以及双方在抚养孩子方面的责任和权利。

2、居住安排：确定每个孩子的主要居住地点，以及双方在孩子居住期间的探视权。

3、教育和医疗费用：明确双方在孩子教育和医疗费用方面的分担方式。

4、紧急情况处理：制定在孩子遇到紧急情况时的处理方式，例如生病、受伤或其他突发事件。

5、财产分割：如果夫妻双方有共同财产，需要在协议中明确如何分割。

6、协议变更：规定在什么情况下可以变更协议，以及如何变更协议。

7、违约责任：明确双方在违反协议时应承担的违约责任。

建议参考：

1、寻求专业法律意见：制定共同抚养协议是一项复杂的任务，最好寻求专业律师的意见。

2、考虑孩子的利益：在制定协议时，要始终将孩子的利益放在首位，确保协议对孩子的成长和发展有益。

3、保持沟通：在共同抚养孩子的过程中，双方需要保持良好的沟通和合作，以确保孩子的利益得到最大程度的保护。

4、定期评估协议：随着时间的推移，孩子的情况和需求可能会发生变化，因此需要定期评估协议并进行必要的调整。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条规定：父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除，离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则，已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决，子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

小编总结：

共同抚养两个孩子需要双方共同努力和合作，制定一份详细的共同抚养协议可以帮助双方明确各自的责任和权利，避免不必要的纠纷和争议，在制定协议时，建议寻求专业法律意见，并始终将孩子的利益放在首位，双方需要保持良好的沟通和合作，定期评估协议并进行必要的调整，以确保孩子的健康成长。