支付宝逾期后，借款人是否可以与支付宝协商只还本金，取决于具体情况，如果借款人确实遇到了困难，无法按时偿还全部欠款，但有能力偿还部分本金，是可以与支付宝客服进行协商的。

建议参考：

1、及时沟通：借款人应在逾期后尽快与支付宝客服联系，说明自己的情况，并表达还款意愿。

2、提供证明：借款人可以提供相关证明材料，如收入证明、失业证明、医疗证明等，以证明自己确实遇到了困难。

3、制定还款计划：借款人可以与支付宝客服协商制定一个合理的还款计划，包括还款金额、还款期限等。

4、遵守协议：借款人应按照协商的还款计划按时还款，避免再次逾期。

相关法条：

《中华人民共和国民法典》第五百七十七条规定：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

小编总结：

支付宝逾期后，借款人可以与支付宝客服进行协商，但是否能够只还本金，需要根据具体情况而定，在协商过程中，借款人应保持良好的沟通态度，提供相关证明材料，并制定合理的还款计划，借款人也应遵守协商的还款协议，避免再次逾期。