雇主是否可以以丢失商品为由扣发员工工资

不可以。

根据《中华人民共和国》第五十条的规定，用人单位不得克扣或者劳动者的工资。用人单位扣除劳动者工资应当符合集体合同、劳动合同的约定或本单位规章制度的规定。

《中华人民共和国劳动法》

第五十条　工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

第九十一条　用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付：

(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的；

(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；

(三)低于当地标准支付劳动者工资的；

(四)后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。

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