法律解析：

停薪留职后档案在单位，通常仍存在劳动关系。

停薪留职是指职工在特定情况下经单位批准保留其公职并离开单位从事其他活动，但与单位仍保持一定的权利义务关系。当档案仍在单位时，一般可以认为存在劳动关系。

档案的存放地点在一定程度上反映了与单位的联系。单位保管档案意味着对该职工的一些情况负有管理和责任。

停薪留职本身就是一种特殊的劳动关系处理方式。虽然职工暂时停止领取薪资并离开工作岗位，但这并不意味着劳动关系的彻底解除。在停薪留职期间，单位可能仍需按照相关规定为职工缴纳社会保险等。

从法律角度来看，如果没有明确的解除劳动关系的协议或手续，仅因为停薪留职和档案存放，不能简单地认定劳动关系不存在。

然而，要确定具体的劳动关系状态，还需要综合考虑其他因素。例如，停薪留职协议中的具体约定，是否明确了劳动关系的存续或变更情况；单位在此期间是否对职工行使了管理权利，如通知参加会议、培训等；职工是否以单位员工的身份从事了相关活动等。

总之，停薪留职后档案在单位时，劳动关系的存在与否不能一概而论，需要根据具体情况进行分析和判断。

法律依据：

《劳动法》 第十条

建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。

第十六条

劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。建立劳动关系应当订立劳动合同。