法律解析：

一般情况下，女方怀孕起诉离婚，孩子在两周岁以内通常会判给女方抚养。

在女方怀孕时这种特殊情况下，对于孩子抚养权的判决，法院通常会综合多方面因素来考虑。两周岁以内的子女，一般会判给母亲抚养，这是基于对婴幼儿成长的特殊需求以及母亲在这一阶段通常能给予更好照顾的考虑。但如果母亲存在一些不利于孩子成长的情况，比如患有严重疾病无法照顾孩子、有虐待孩子等不良行为，或者母亲明确表示不愿意抚养孩子，那么法院也可能会将孩子判给父亲。

当孩子超过两周岁，法院会从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。比如，哪一方的经济条件更有利于孩子的生活和教育，哪一方能给予孩子更多的关爱和陪伴时间，哪一方的家庭环境更适合孩子成长等。如果双方条件相当，法院可能还会考虑孩子平时主要由谁照顾，孩子与哪一方更亲近等因素。

孩子的意愿在一定程度上也会被考虑，特别是对于年龄较大、有一定认知和表达能力的孩子。当然，法院的判决始终是以孩子的最佳利益为核心的。需要强调的是，无论孩子抚养权判给哪一方，另一方都有权利和义务关心、照顾孩子，支付抚养费，以保障孩子的基本生活和教育需求。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条

父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。

离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。