法律解析：

个人所得税是按应发工资来计算的。

在个人所得税的计算中，依据的是应发工资。应发工资是指劳动者在提供了正常劳动的情况下，用人单位应当支付给劳动者的工资报酬，包括工资、奖金、津贴和补贴等。

个人所得税的计算公式为：应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数。其中，应纳税所得额=月度收入-5000 元-专项扣除-专项附加扣除-依法确定的其他扣除。

这里的月度收入通常就是应发工资。而实发工资则是扣除了各项税费、社保等费用之后劳动者实际拿到手的工资。虽然实发工资是劳动者最终获得的金额，但在计算个人所得税时，要按照应发工资来确定纳税的基数。

这样规定的原因主要有以下几点：

首先，应发工资反映了劳动者的全部劳动报酬，以其为基础计算税款更能体现税收的公平性和合理性。其次，各项扣除项目都是基于应发工资进行计算和扣除的，这样可以确保扣除的准确性和完整性。再者，以应发工资为依据便于税务部门进行征管和核算，确保税收的及时足额收缴。

在实际操作中，用人单位会根据员工的应发工资代扣代缴个人所得税，并将扣除后的实发工资发放给员工。劳动者也应该了解个人所得税的计算规则和扣除项目，以便更好地维护自己的合法权益。

法律依据：

《个人所得税法》第六条