法律解析：

员工擅自离职，工资结算应按照劳动合同和公司相关规定进行处理。

员工擅自离职是一种违反劳动纪律和合同约定的行为，但这不意味着其应得的工资可以被随意克扣或不予结算。在处理擅自离职工资结算问题时，需要综合考虑多方面因素。

应当依据劳动合同中的约定。合同中可能对离职程序、工资结算等方面有明确规定。如果员工违反了约定的离职程序，公司有权按照合同约定采取相应措施。

公司的规章制度也起着重要作用。如果公司有完善的考勤、离职等管理制度，并且员工知晓这些规定，那么在结算工资时需参照执行。

即使员工擅自离职，其已经提供劳动的部分，公司应当按照约定的工资标准进行结算。不能因为员工的违规离职行为而拒绝支付其应得的劳动报酬。

但同时，公司可能会根据具体情况，扣除因员工擅自离职而给公司造成的损失。例如，未完成工作交接导致业务受阻、招聘和培训新员工的成本等。但公司需要有充分的证据证明这些损失的存在和具体数额。

在处理此类问题时，公司应秉持公平合理的原则，按照法律规定和合同约定行事。避免不合理的扣费或拖延结算工资，以免引发劳动纠纷。如果双方存在争议，可以通过劳动仲裁或诉讼等途径解决。

法律依据：

《工资支付暂行规定》第九条

劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

《中华人民共和国劳动合同法》第九十条

劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。