法律解析：

种子有问题的赔偿方法通常包括退还种子款、赔偿直接损失、可能的间接损失等。具体赔偿方式和标准需根据实际情况和相关法律法规来确定。

当种子出现问题时，方法的确定需要综合多方面因素。要明确种子问题的具体表现，比如发芽率低、品种不纯、生长不良等。

如果是销售者的过错导致种子存在问题，根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，购买者有权要求销售者承担相应的赔偿责任。这可能包括以下几个方面：一是退还购买种子所支付的款项。这是最基本的赔偿要求，确保购买者不会因问题种子而遭受经济损失。二是赔偿直接损失。例如，因种子问题导致农作物减产或绝收而产生的成本损失，包括种子、化肥、农药、人工等方面的投入。三是在某些情况下，可能还需赔偿间接损失。比如，因农作物减产或绝收而影响后续的收益，或者因种子问题导致错过了最佳种植时机而造成的潜在损失等。

要确定具体的赔偿金额并非易事。需要购买者提供充分的证据来证明损失的存在和程度，如购买凭证、种植记录、相关照片或视频、专家鉴定意见等。同时，也需要考虑到双方的过错程度、市场因素等。在协商或诉讼过程中，双方可以通过协商、调解或诉讼等方式来解决赔偿争议。

对于种子的生产者，如果其在生产过程中存在过错，也可能需要承担相应的赔偿责任。在这种情况下，销售者在承担赔偿责任后，可以向生产者进行追偿。

总之，种子有问题时的赔偿方法需要根据具体情况进行分析和确定，购买者应及时采取措施维护自己的合法权益。

法律依据：

《种子法》第四十五条

种子使用者因种子质量问题或者因种子的标签和使用说明标注的内容不真实，遭受损失的，种子使用者可以向出售种子的经营者要求赔偿，也可以向种子生产者或者其他经营者要求赔偿。赔偿额包括购种价款、可得利益损失和其他损失。属于种子生产者或者其他经营者责任的，出售种子的经营者赔偿后，有权向种子生产者或者其他经营者追偿；属于出售种子的经营者责任的，种子生产者或者其他经营者赔偿后，有权向出售种子的经营者追偿。