法律解析：

公司扣考勤工资是否合法需要具体情况具体分析。如果公司有明确合法的考勤制度且员工违反了该制度，扣考勤工资可能是合法的，但如果公司随意扣除或扣除不合理，则可能不合法。当遇到这种情况时，可以先与公司沟通协商，若无法解决，可考虑通过法律途径维护自己的权益。

考勤工资的扣除是否合法，主要取决于公司是否有明确且合理的考勤规定以及执行过程是否符合法律要求。如果公司在劳动合同或员工手册等文件中明确规定了考勤制度，包括迟到、早退、旷工等情况下的扣除标准，并且该制度经过了合法的程序制定和公示，那么在员工违反规定时，公司按照规定扣除相应的考勤工资是有可能合法的。

如果公司没有明确的考勤制度，或者制度过于苛刻、不合理，随意扣除员工工资，那就是不合法的行为。例如，一些公司可能规定迟到一分钟就扣除大量工资，这种规定可能被认定为不合理。

当员工认为公司扣除考勤工资不合法时，可以采取以下措施。尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明自己的观点和理由，看是否能够协商解决。如果沟通无果，可以向公司的工会或职工代表反映情况，寻求帮助。如果公司没有工会等组织，可以考虑向劳动监察部门投诉，要求其对公司的行为进行调查和处理。如果以上方法都无法解决问题，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

在处理这类问题时，员工需要注意保留相关证据，如考勤记录、工资条、与公司的沟通记录等，以便在需要时能够证明自己的主张。同时，员工也应该遵守公司的考勤制度，尽量避免出现违反规定的情况。

总之，公司扣考勤工资是否合法不能一概而论，需要根据具体情况进行判断。员工在遇到此类问题时，应该理性对待，通过合法途径维护自己的权益。

法律依据：

《工资支付暂行规定》 第七条

工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。

第八条

对完成一次性临时劳动或某项具体工作的劳动者，用人单位应按有关协议或合同规定在其完成劳动任务后即支付工资。

第九条

劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。