接送不合格兵员罪的案件一般由军队保卫部门管辖。

接送不合格兵员罪是一种涉及军事领域的特殊犯罪。在我国，对于军队内部发生的刑事案件，通常由军队保卫部门负责管辖和侦查。军队保卫部门具有专业的军事法律知识和经验，能够更好地处理涉及军事纪律和军事安全的案件。

军队有其自身的管理体系和法律规范，接送不合格兵员罪直接关系到军队兵员的质量和战斗力。军队保卫部门对这类案件进行管辖，有利于维护军队的正常秩序和纪律，确保军队的纯洁性和战斗力。他们能够深入了解军队内部的情况，准确把握案件的性质和特点，采取有效的侦查措施和手段，及时查明案件事实，依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

此外，在涉及到与地方司法机关的协调和配合时，军队保卫部门也会按照相关法律和规定进行。比如，在证据收集、案件移交等方面，会与地方司法机关保持沟通和协作，确保案件的顺利办理。这样既保障了军队的司法权益，也体现了法治的统一性和公正性。

总之，军队保卫部门在接送不合格兵员罪案件的管辖中发挥着重要作用，他们的专业工作对于维护军队的稳定和战斗力具有重要意义。

《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二十五条

刑事案件由犯罪地的人民法院管辖。如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。