法律解析：

怀孕三个月离婚，协议离婚的，双方签订离婚协议书后共同到婚姻登记机关申请离婚登记；诉讼离婚的，一方向法院提起离婚诉讼。

在女方怀孕三个月时，如果双方都同意，可以选择协议离婚。具体流程如下：双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记，提交相关证件和材料，如身份证、户口本、证等；婚姻登记机关对材料进行审查，符合条件的，发给《离婚登记申请受理回执单》；离婚冷静期届满后三十日内，双方亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证，未申请的视为撤回离婚登记申请。

如果一方不同意离婚，或者双方对财产分割、子女抚养等问题无法达成一致意见，那么可以选择诉讼离婚。诉讼离婚的流程如下：一方向有管辖权的法院提起，提交和相关证据；法院受理案件后，会向对方送达状副本等法律文书；双方进行举证、质证和辩论；法院根据审理情况作出判决。

需要注意的是，根据法律规定，女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。无论选择哪种离婚方式，都要考虑到未出生子女的权益和女方的身体状况，尽量通过和平协商的方式解决问题。

法律依据：

《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条

夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。

离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。

《中华人民共和国民法典》 第一千零八十二条

女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。